El periodo inmediato posterior a la conquista de los territorios americanos fue la Colonia, distinguida principalmente por la imposición de creencias y cultura a los nativos y el establecimiento de territorios considerados parte de los reinos europeos a través de los cuales explotaban las riquezas y las comercializaban.

En este periodo, los españoles, crearon dos instituciones fundamentales para controlar lo que sucedía del otro lado del océano: la Casa de Contratación de Sevilla, que regulaba los asuntos económicos de las colonias y el Consejo de Indias, que se encargaba de los gobiernos, siendo una de sus tareas redactar y recopilar las llamadas Leyes de Indias.

El territorio de las colonias se dividió de distintos virreinatos para lograr un control óptimo de la población y una representación correcta de las coronas europeas.

Gobernados por el Virrey se establecieron:

• Virreinato de la Nueva España en 1534, que tenía el control de México, las Antillas y Centroamérica.
• Virreinato del Perú en 1542.
• Virreinato de Nueva Granada que se separó del Perú en 1717 y cubría lo que hoy es Colombia.
• Virreinato del Río de la Plata, separado del Perú en 1778, que incluía lo que hoy es Argentina, Bolivia, Uruguay, Paraguay, partes del Sur de Brasil y Norte de Chile.

Cada uno de los Virreinatos se dividía en capitanías y cabildos que eran supervisados por las Audiencias, que eran órganos judiciales y administrativos.

De igual manera, en las colonias se manejó un sistema social específico que estaba basado en el color de piel de la persona y el trabajo que desempeñaba:

• Españoles o Peninsulares: eran hombres nacidos y criados en España.
• Criollos: hijos de españoles nacidos en América con menos poder que los peninsulares.
• Mestizos y mulatos: los hijos de la mezcla entre español e indígena o negro.
• Indígena: todos los originarios de américa
• Negros: eran los esclavos africanos o hijos de los mismos.

En términos económicos, las primeras colonias se basaron en la extracción de oro y plata como parte fundamental de la minería y la agricultura y ganadería trabajadas por esclavos negros o indígenas. Se cultivó caña de azúcar, papas, cacao, tabaco y café.

De igual forma se puede decir que la religión católica-cristiana fue un eje fundamental en el desarrollo de esta época, ya que la iglesia estaba encargada de muchos factores en las colonias como la educación, siendo ellos los únicos que enseñaban a leer, escribir, de matemáticas e historia a la población en general y también arte y ciencias a la clase alta.

Finalmente, cabe mencionar que no solo los reinos de España y Portugal incurrieron en al conquista y colonia de los territorios americanos, se le sumaron a ellos los ingleses, rusos, franceses y holandeses que, aunque lograron adquirir ciertos territorios, la mayoría pertenecieron a la corona Española.